Cmentarz założony jest na planie nieregularnego wieloboku i ogrodzony prostopadłościennymi słupkami połączonymi parami płaskowników z przyspawaną literą x z krótkich gwintowanych prętów.
Wejście znajduje się od strony północnej. Flankowane jest przez dwa słupy i zamykane dwuskrzydłowymi wrotami ze stalowej kraty. Od wejścia w kierunku południowym prowadzi główna aleja, utwardzona żwirem. Po jej prawej stronie w znajduje się osiem, osadzonych w cokołach tablic z czarnego oszlifowanego kamienia, na których w dwóch kolumnach zostały wyryte nazwiska imiona i nazwiska ofiar.
Za rzędem tablic główną aleję przecina aleja poprzeczna. W kierunku wschodnim, schodami do góry prowadzi ona w stronę pomnika głównego w formie cokołu, na którym ustawiona jest konstrukcja z 5 pięciu zakończonych łukiem i połączonych ze sobą krat stalowych. W każdej z nich zostały umieszczone krzyże łacińskie z piaskowca. Na podstawie pomnika umieszczona jest inskrypcja: „W HOŁDZIE/ POLAKOM ZAMĘCZONYM W WIŚNICKIM WIĘZIENIU/ W LATACH 1939–1945, W KTÓRYM OD GRUDNIA 1939 ROKU/ DO CZERWCA 1940 ROKU MIEŚCIŁ SIĘ OBÓZ KONCENTRACYJNY,/ A PÓŹNIEJ CIĘŻKIE WIĘZIENIE. TYM WSZYSTKIM,/ KTÓRZY W OSAMOTNIENIU ODDALI SWOJE ŻYCIE/ DAJĄC ŚWIADECTWO UMIŁOWANIA/ WOLNEJ I NIEPODLEGŁEJ POLSKI”.
Na zachodnim krańcu poprzecznej alejki znajduje się pomnik stalowej zakończonej łukiem stalowej kraty, osadzonej w cokole z napisem z inskrypcją: „PAMIĘCI/ ŻYDOWSKICH OFIAR NIEMIECKIEGO TERRORU/ NA ZIEMI WIŚNICKIEJ W LATACH 1939–1945”.
Główną aleję cmentarza zamyka wysoki krzyż z belek z połączonych ze sobą dwóch metalowych rur. Po lewej stronie końcowego odcinka głównej alei usytuowanych jest ściętych pulpitowo pięć bloków z piaskowca z wyrytymi inskrypcjami:
- „PAMIĘCI/ ARTYSTÓW I MALARZY ORAZ ABSOLWENTÓW I WYKŁADOWCÓW/ KRAKOWSKICH UCZELNI, WIĘZIONYCH W OBOZIE KONCENTRACYJNYM/ I WIĘZIENIU W LATACH 1939-1945, KTÓRZY BĘDĄC ŚWIADKAMI/ NISZCZENIA BEZCENNEGO ZABYTKU KULTURY POLSKIEJ,/ JAKIM BYŁ XVII – WIECZNY KOŚCIÓŁ KLASZTORNY,/ UTRWALILI DLA PRZYSZŁYCH POKOLEŃ ŚLADY WIĘZIENNEGO/ I OBOZOWEGO ŻYCIA DLA UCZCZENIA ICH HEROIZMU/ W DOKUMENTOWANIU NISZCZENIA POLSKIEJ KULTURY/ W LATACH 1939-1945/ MIESZKAŃCY GMINY NOWY WIŚNICZ”
- „PAMIĘCI/ OFIAR OBOWIĄZKU PRAWNIKÓW, KSIĘŻY, NAUCZYCIELI/ I PRZEDSTAWICIELI ADMINISTRACJI, KTÓRZY BYLI WIĘZIENI NA/ TERENIE OBOZU I WIĘZIENIA W LEKSANDROWEJ/ W LATACH 1939-1945”
- „PAMIĘCI/ WSZYSTKICH SPOCZYWAJĄCYCH NA TYM CMENTARZU,/ ZAMĘCZONYM W LATACH 1939-1945 PODCZAS NIEMIECKIEJ OKUPACJI,/ A TAKŻE WIŚNICZANOM, KTÓRZY Z NARAŻENEM WŁASNEGO ŻYCIA/ ORGANIZOWALI POMOC DLA UWIĘZIONYCH./ ŻOŁNIERZOM ARMII KRAJOWEJ, KTÓRZY W ŚMIAŁEJ/ AKCJI OSWOBODZILI CZĘŚĆ WIĘŹNIÓW POLITYCZNYCH.”
- „DNIA 5 WRZEŚNIA 1940 ROKU W POBLIŻU TEGO CMENTARZA/ ROZSTRZELANI ZOSTALI PRZEZ NIEMIECKICH OPRAWCÓW:/ DR WŁADYSŁAW BOBILEWICZ – SĘDZIA;/ MGR ANDRZEJ BIEŃKOWSKI PROKURATOR;/ KS. FERDYNAND MACHAY – ZGROMADZENIE O. FILIPINÓW;/ JERZY LIBAN – PORUCZNIK WOJSKA POLSKIEGO;/ JAN PISTUŁA Z KATOWIC;/ RYSZARD PISTUŁA Z KATOWIC;/ JÓZEF KANIA – POWSTANIEC ŚLĄSKI;/ JÓZEF KRENZLER – DZIENNIKARZ/ IZAAK UNGER – KUPIEC Z NOWEGO SĄCZA;/ BERNARD WACHS Z KRAKOWA.”
- „ „TYLE NAPRAWDĘ ŻYJEMY, ILE ŻYJE PAMIĘĆ O NAS”/ JAN KARSKI/ W 83. ROCZNICĘ POWSTANIA/ NIEMIECKIEGO OBOZU
KONCENTRACYJNEGO/ ZE ŚRODKÓW BUDŻETU PAŃSTWA PRZEPROWADZONY ZOSTAŁ/ GENERALNY REMONT CMENTARZA./ KOLEJNE POKOLENIA POLAKÓW MUSZĄ PAMIĘTAĆ O OFIARACH/ NIEMIECKIEGO TERRORU I POŚWIĘCENIU PRZODKÓW/ W WALCE O WOLNOŚĆ./ KANCELARIA PREZESA RADY MINISTRÓW/ FUNDACJA NIE ZAPOMNIJ O NAS/ MAŁOPOLSKI URZĄD WOJEWÓDZKI/ GMINA NOWY WIŚNICZ”.
W południowo-wschodniej części zachowały się dwa kamienne nagrobki sprzed II wojny światowej, w formie zdobionego krzyża z literami IHS na wysokim stopniowanym postumencie z płyciną na tablicę inskrypcyjną oraz kamiennego krzyża osadzonego na niskiej podstawie.
Groby na terenie cmentarza oznaczone są niskimi krzyżami z piaskowca cegrowskiego.
Na terenie Nowego Wiśnicza okupant niemiecki założył obóz przejściowy dla polskich jeńców wojennych. Funkcjonował on do grudnia 1939 r. Wówczas na terenie byłego zakładu karnego założono obóz pracy, do którego przewieziono więźniów z więzienia przy ul. Montelupich w Krakowie, więzień w Jaśle i Tarnowie, Wśród więźniów znaleźli się działacze społeczni, byli legioniści, powstańcy śląscy, przedstawiciele duchowieństwa i inteligencji.
W wyniku tortur i bicia zmarł 7 maja 1940 w obozie były porucznik Kazimierz Jan Widerski z Częstochowy. 27 maja 1940 r. w obozie został pobity a następnie zastrzelony dr Roman Starzycki za to, że po ogłoszeniu alarmu nie zdołał przybiec na czas do celi. Według relacji jednego z więźniów w obozie było 6 przypadków śmierci wskutek pobicia. Zwłoki grzebano na cmentarzu więziennym w tzw. Brzezince.
5 czerwca 1940 r. rozstrzelano 10 więźniów. Egzekucja miała być odwetem za ucieczkę jednego z osadzonych. Po wojnie zwłoki rozstrzelanych ekshumowano i przeniesiono, szczątki trzech osób do grobów na cmentarzach w Krakowie, a pozostałych 7 do mogiły zbiorowej na cmentarzu parafialnym w Nowym Wiśniczu..
20 czerwca 1940 z obozu w Nowym Wiśniczu został wysłany pierwszy transport 237 więźniów do obozu koncentracyjnego w Oświęcimiu. W następnych dniach odesłano pozostałych więźniów. W lipcu 1940 r. obóz zlikwidowano.
W jego miejsce powstało więzienie karno-śledcze, które funkcjonowało do lipca 1944 r. W tym okresie w księdze zmarłych odnotowano śmierć 885 osób. Zwłoki grzebano na cmentarzu więziennym.
W niektórych przypadkach odnotowano ich zabranie przez rodzinę lub gminę wyznaniową żydowską: LEON HERMAN, BERNARD FÖRBER, HANINA SZAJN, MARIAN PUTO, JÓZEF PORĘBA, ABRAM PAKULSKI, PAWEŁ FRIESE, MORDKA RUSINEK, MARIAN CUKLERSKI, ZAJNWEL BRUNNER, BEREK STULMAN, IGNACY MARCZAK, WŁADYSŁAW LUBIŃSKI, ANTONI KALETA, EUGENIUSZ FREUND, KAZIMIERZ BAKALARZ, JERZY JANUSZKIEWICZ, ANDRZEJ SARNECKI, EDWARD ARENDT, JÓZEF CZARNECKI, WŁADYSŁAW BECKA, JÓZEF ZYGUŁA, TADEUSZ NAGROBA, JAN MRUGACZ, JÓZEF ZAJĄC, STANISŁAW LEWANDOWSKI, JERZY SEKURA, JULIAN SZCZEPANIK.
27 lipca 1944 oddział dywersyjny 1 batalionu 12 Pułku Piechoty Armii Krajowej przejściowo opanował więzienie w Nowym Wiśniczu, uwalniając więźniów politycznych. Na początku sierpnia 1944 r. wobec zbliżania się frontu więzienie zlikwidowano, niezdolnych do pracy więźniów zwolniono a pozostałych wywieziono na roboty przymusowe do Niemiec.
