Cmentarz położony jest na terenie dawnego wyrobiska gliny nazywanego Glinnikiem (Glinikiem), gdzie w latach 1939–1944 okupant niemiecki przeprowadzał egzekucje więźniów przywożonych z więzień przy ul. Senackiej 3 i Montelupich.
Obejmuje obszar otoczonego żywopłotem i wyłożonego kostką z norytu trójkątnego placu zamkniętego pomnikiem-mauzoleum w formie ściany wyłożonej ciemnymi granitowymi płytami z umieszczonym napisami:
„W HOŁDZIE/ OFIAROM/ HITLEROW/ +SKIEGO+/ +SPOŁE+/ CZEŃSTWO/ +MIASTA+/ KRAKOWA”.
„W tym miejscu/ 28 X 2014 r. 21 X 2015/ pochowano szczątki/ 125 osób/ ekshumowanych/ w latach 2014–2015/”.
Na pomniku znajdują się dwie prostokątne tabliczki z inskrypcjami:
„STANISŁAW WITKOWSKI/ Żołnierz AK lat 34/ zginął 11 III 1944 r. Glinik/ w 65-tą rocznicę stracenia/ RODZINA”
„PRZECHODNIU,/ TU W GLINNIKU STĄPASZ PO ZIEMI KRYJĄCEJ/ SZCZĄTKI SETEK OSÓB ZAMORDOWANYCH/ PRZEZ NIEMCÓW W LATACH 1939-1944./† CZESŁAW PYRDEK/ 21-LETNI LITOGRAF Z KRAKOWA/ ZOSTAŁ ROZSTRZELANY 11.02.1944 R./ ZA SPORZĄDZANIE PISM KONSPIRACYJNYCH/ R.I.P./ A.D. 2011 RODZINA”
Na ścianie wyryty jest krzyż maltański.
Plac przed pomnikiem poprzedzony jest betonowymi schodami z okładziną z norytu.
Na terenie Glinnika znajdują się jeszcze trzy upamiętnienia. Na niewielkim kopcu ustawiony jest krzyż z metalowych rur. Na terenie Glinnika znajduje się głaz pamiątkowy (ufundowany w 1956 r.) z wyrytą inskrypcją: „MIEJSCE UŚWIĘCONE/ MĘCZEŃSKĄ KRWIĄ/ POLAKÓW WALCZĄCYCH/ O WOLNOŚĆ/ TU W LATACH OKUPACJI HITLEROWCY/ ROZSTRZELALI PONAD 1000 POLAKÓW”.
Kolejne z upamiętnień to osadzona na szerokim dwustopniowym postumencie kamienna tablica o nieregularnym kształcie, na której widniej inskrypcja: „TEREN TEN ZWANY GLINNIKIEM/ JEST UPAMIĘTNIONY KRWIĄ MĘCZEŃSKĄ/ POLAKÓW/ TU W LATACH OKUPACJI 1939–1945 HITLEROWCY/ ZAMORDOWALI PONAD 1000 PATRIOTÓW POLS-/ KICH MORDOWANO ŻOŁNIERZY RUCHU OPORU –/ KOBIETY DZIECI. PRZYWOŻONO OFIARY DOPRO-/ WADZANO W GRUPACH OD 20-30 OSÓB BOSO/ ZE ZWIĄZANYMI RĘKAMI I DOKONYWANO EGZE-/ KUCJI. ŚCIANY WYSADZANE ŁADUNKAMI WYBUCHOWYMI ZASYPYWAŁY ZWŁOKI POMORDOWA-/ NYCH TWORZĄC ICH MOGIŁY/ POLEGLI ZA WOLNOŚĆ NASZEJ OJCZYZNY/ POMNIK MĘCZEŃSTWA WZNIEŚLI W CZYNIE SPOŁECZNYM/ MIESZKAŃCY DZIELNICY ZWIERZYNIEC 19 X 1967”.
Na gruntach dawnej wsi Przegorzały, na terenie wyrobiska gliny dawnej cegielni Finkelsteina od listopada 1939 do października 1944 r. okupant niemiecki przeprowadzał egzekucje więźniów przewiezionych z więzień przy ul. Senackiej i Montelupich. Zwłoki poza nielicznymi wyjątkami zakopywano na miejscu egzekucji.
W okresie powojennym miejsce upamiętniono, najpierw prowizorycznymi drewnianymi krzyżami, w 1956 r. zachowanym do dnia dzisiejszego głazem pamiątkowym. W 1967 r. powstał pomnik z placem apelowym.
W literaturze przedmiotu pojawiają się nazwiska osób rozstrzelanych w Przegorzałach, powtarzane za publikacjami J. Ścisły, oparta o dane z afiszów śmierci i zaginione notatki dotyczące dat egzekucji w Glinniku.
W latach 2013–2015 na Glinniku na zlecenie Wydziału Rewaloryzacji Zabytków Krakowa i Dziedzictwa Narodowego Małopolskiego Urzędu Wojewódzkiego w Krakowie prace archeologiczne przeprowadził Instytut Archeologii i Etnologii PAN Ośrodek Archeologii Gór i Wyżyn w Krakowie. W ich wyniku odkryto 25 mogił, z których ekshumowano szczątki 125 osób, w tym 11 kobiet.
Uroczyste pochówki ofiar odbyły się 28 października 2014 i 21 października 2015 r. Trumny ze szczątkami złożono w komorze grobowej w podeście przed ścianą pomnikową. Zidentyfikowano szczątki jednej osoby.
W latach 2016-2017 przeprowadzono remont pomnika i nawierzchni placu.
