W czasie wojny przymusowo wcielony do Baudienstu. W latach 1946-1948 odbył służbę w WP i WOP, po której powrócił na Podhale, gdzie w sierpniu 1948 r. dołączył do oddziału partyzanckiego „Wiarusy" dowodzonego przez Tadeusza Dymla „Srebrnego", a następnie Stanisława Ludzię „Harnasia". Został aresztowany 24 lipca 1949 r. na polanie Surówki w masywie Lubonia Wielkiego wskutek prowokacji UB. Wojskowy Sąd Rejonowy w Krakowie 28 listopada 1949 r. skazał go na karę śmierci. Egzekucję wykonano 12 stycznia 1950 r. W październiku 2019 szczątki Leona Zagaty zostały odnalezione na Cmentarzu Rakowickim w Krakowie w wyniku prac poszukiwawczych IPN. W dniu 30 marca 2022 r. odbył się uroczysty pochówek.
